Entorno Virtual openVRE
Descripción del componente
Qué es openVRE
openVRE (de open Virtual Research Environment) es un entorno de trabajo basado en la nube que permite construir rápidamente su propia plataforma computacional. Ofrece:
una interfaz web fácil de usar que integra una serie de recursos conectables:
herramientas de análisis o canalizaciones
interfaces para repositorios de datos externos
visualizadores
un backend escalable para computación en la nube compatible con middlewares OCCI como OpenNebula u OpenStack.
Arquitectura
El repositorio principal contiene el código fuente de openVRE, incluyendo un front-end web personalizable y un código central que administra datos, metadatos, unidades de procesamiento (herramientas de análisis y visualización) y recursos computacionales. El siguiente diagrama ilustra un posible diseño para una infraestructura computacional basada en openVRE:
Los diferentes componentes trabajan juntos para proporcionar un entorno computacional para herramientas de análisis o visualización iniciadas por los usuarios a través de la interfaz web de VRE. Las solicitudes de los usuarios son procesadas por uno de los dos programadores disponibles: PMES o SGE-oneflow. Estos programadores activan las herramientas dentro de las máquinas virtuales (VM) adecuadas donde se encapsulan las herramientas seleccionadas. Los recursos se asignan dinámicamente en función de la demanda del usuario, y la cantidad de VM dedicadas se escala de acuerdo con las solicitudes de trabajo, según lo permitan los recursos computacionales en la nube. Estas VM acceden a varios volúmenes de datos donde se almacenan los archivos de entrada (ya sean privados (del espacio de trabajo del usuario) o conjuntos de datos públicos) y donde se escriben los archivos de salida.
Una vez que una solicitud de trabajo llega a la VM asignada, comienza la ejecución de la herramienta. Las herramientas VRE integradas son componentes de software independientes desarrollados por terceros (por ejemplo, bioinformáticos, investigadores, estadísticos) y se implementan en las VM locales de la plataforma de cómputo. Todas las herramientas se adhieren a la estructura común definida por openvre-tool-api, lo que permite que el núcleo openVRE las active de manera uniforme.
Documentación técnica
Documentación técnica
Cómo instalar
Contacto
Para cualquier duda durante el periodo de uso y validación de los componentes de la Implementación de Referencia de IMPaCT-Data (Marzo, 2025), podéis poneros en contacto con: